地対空ミサイルの自動追跡・迎撃能力は、エアフォースワン（VC-25）の核となる防衛レイヤーだ。搭載された電子戦システムが敵ミサイルの発射シグナルをリアルタイムで捕捉し、「AN/ALQ-204メタドア」とLAIRCMが熱信号を攪乱するかレーザーを照射して早期破壊を誘導するため、赤外線誘導弾が接近する余地を残さない。
機内の電気系統はすべて特殊シールドで覆われ、核爆発由来の電磁パルス（EMP）にも耐えられるよう電子機器をハードニングしている。核爆発の兆候が検知されても、通信・航法・制御系は維持され、大統領専用機としての指揮機能を損なわない。
推進系では4基のジェットエンジンが冗長構成を組む。1基や2基が停止しても残りで安全飛行が続行できる設計で、同時全損という最悪シナリオの確率は極めて低い。
1時間当たり270万ドル（約4億円）に達する運用コストには強力な電子戦装置が含まれる。レーダー妨害機、通信ジャマー、フレア散布装置が統合され、敵が先進誘導システムを保有していても追跡や照準を根本的に阻止する。
給油プローブを備え、KC-135やKC-46による空中給油に完全対応することで、離陸後に一度も着陸せず地球規模で行動できる。緊急時には「空中発進・空中着陸なし」の長時間滞空任務も現実的だ。
飛行中はF-22やF-35などのステルス戦闘機編隊が随伴し、脅威を探知し次第ただちに迎撃を行う。単機での自己完結防御でなく、統合空域防衛ネットワークの要として運用される点が特徴だ。
通信面では衛星電話、暗号化リンク、リアルタイム映像伝送、サイバー防御網を備え、空中にいながら指揮統制センターの機能を果たす。大統領とスタッフは地上の指揮系統と常時同期し、戦略判断を下せる。
装備の一部は依然として機密に包まれる。レーザー迎撃装置やレーダー吸収塗料などの最新技術が追加されたとの観測もあり、次世代電子戦能力と低観測化を複合した結果「実質撃墜不可能」との評価が定着している。
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